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Von Crowdsourcing zu Crowdfunding: openSNP bei Patreon

23. September 2015 von Bastian Greshake

Unser open source genomics Projekt openSNP, das wir noch immer fast ausschließlich aus eigener Tasche finanzieren, kann man jetzt auch bei Patreon jeden Monat mit einem kleinen Betrag (beginnend bei einem Dollar) unterstützen. Patreon ist den meisten wohl eher aus Web-Comics oder der Musik bekannt - eine Kickstarter-ähnliche Plattform, bei der User ihren Lieblingskünstlern einen einmaligen oder monatlichen Beitrag zukommen lassen können. Dafür gibts dann regelmäßige Updates - vor allem Musik oder Kunst wird so an die Geldgeber verteilt bzw.... weiter

 

BeersDeCoded – welches Bier ist mit welchem verwandt?

18. Juni 2015 von Bastian Greshake

Kleine und große Brauereien produzieren heutzutage eine solche Vielzahl von Bieren, dass es gar nicht so einfach ist, den Überblick zu behalten oder neue Lieblingssorten zu entdecken. Wer bei der Auswahl einer neuen Sorte nicht nur nach dem Etikett oder nach Mundpropaganda gehen möchte, kann bald Bierempfehlungen auf Basis von Mikroben- und Pilz-Verwandschaft bekommen.Denn bei Kickstarter hat sich ein Team aus Do-It-Yourself Biologen aus der Schweiz eingefunden, welches versucht, die DNA der Biere zu entschlüsseln um so letztlich einen Stammbaum... weiter

 

Was man als BioinformatikerIn so wissen sollte – Teil 2

20. März 2014 von Philipp Bayer

Im Geiste des ersten Teils möchten wir hier zusammenfassen, was wir momentan als benötigtes "Grundwissen" für Bioinformatikerinnen sehen. Vielleicht hilft es ja der einen oder anderen Selbstlernerin. Das allerwichtigste zuerst: Englisch. Selbst falls ihr es irgendwie schafft irgendwo einen Job zu bekommen bei dem alle deutsch sprechen können – und die Chancen sind gering – 99.9% der Fachliteratur ist Englisch. Das betrifft sowohl die Bioinformatik selbst, als auch Biologie und die Informatik getrennt. Dazu es gibt so weit wir wissen... weiter

 

Was man als BioinformatikerIn so wissen sollte – Teil 1

17. März 2014 von Philipp Bayer

Bioinformatik scheint immer noch eine beliebte Spezialisierung zu sein. Es gibt genug zu tun: Sequenziermaschinen (wie z.B. die neue PacBio RSII oder die Illumina Maschinen die das menschliche Genom endlich für weniger als 1000 Dollar auslesen können sollen) generieren mehr Daten für weniger Geld, und der Trend wird wohl auch nicht aufhören: Kosten per sequenziertem Genom, von 2001 (ca. 100 Millionen US-Dollar) bis 2013 (ca. 7000 US-Dollar). Quelle. Stellenangebote gibt es (für den wissenschaftlichen Standard) viele: NatureJobs listet momentan 497... weiter

 

Nicht-Reproduzierbare Wissenschaft: Ein Interview mit der Reproducibility Initiative

24. Januar 2013 von Bastian Greshake

Das nicht nur die Psychologie mit dem Problem nicht reproduzierbarer Ergebnisse zu kämpfen hat ist spätestens seit letztem Jahr auch einer breiteren Masse bekannt. Forscher der Biotech-Firma Amgen hatten versucht 53 wegweisende Studien aus dem Feld der Krebsforschung zu reproduzieren und hatten in nur 6 Fällen Erfolg damit. Wer also versucht auf der Arbeit anderer Wissenschaftler seine eigene Arbeit aufzubauen, kann damit ziemlich auf die Nase fallen und dabei in nicht geringem Maße Zeit und Geld verschwenden. Mit der Reproducibility... weiter

 

Doktorand im achten Monat

4. November 2012 von Philipp Bayer

In den letzten paar Monaten war dieses Blog verdächtig ruhig, das hat seine Gründe: Basti hängt in den letzten paar Monaten seiner Masterarbeit und ich bin Doktorand im achten Monat, und das bisschen Zeit das da noch übrig bleibt wird in openSNP investiert (oder: Schock, ins Privatleben!). Was mach ich eigentlich den ganzen Tag? Doktoranden-Dasein "Angestellt" bin ich bei der School of Agriculture and Food Sciences an der University of Queensland (UQ), Brisbane, Australien, in der Bioinformatik-Arbeitsgruppe. Unsere Haupttätigkeiten sind... weiter

 

Die Gesetze der Evolution und die Religion II

30. April 2012 von Bastian Greshake

Im letzten Beitrag habe ich mir angeschaut wieso die Evolution eben nicht nur diejenigen genetischen Varianten fixiert, welche ihrem Träger einen Fitness-Vorteil verschaffen. Der Grund dafür ist genetischer Drift, ein Zufallsprozess der endlich großen Populationen auftritt. Daher kann man nicht daraus schliessen das eine Eigenschaft automatisch einen Selektionsvorteil verschafft hat, nur weil man sie über eine lange Zeit findet. In dem Kommentaren zu dem Artikel hat Michael Blume dann weiter ausgeführt welche Belege es dafür gibt das Religiosität adaptiv ist... weiter

 

Die Gesetze der Evolution und die Religion

29. April 2012 von Bastian Greshake

In dem Blog Natur des Glaubens hat Michael Blume einen Artikel von sich verlinkt, der in der Zeitschrift Trilliumreport erschienen ist und den Titel Glauben sie an Gott? Und wenn ja, warum? trägt. Darin geht es, wie so oft in seinen Texten, ob und warum Religion eine evolutionäre Adaption ist die welche Fitnessvorteile erbringt. Als Gründe für die angeblichen Fitness-Vorteile werden – ebenfalls wie so oft – die erhöhte Nachkommenzahl genannte (genau das was biologische Fitness im evolutionären Kontext bedeutet)... weiter

 

Der Prostatakrebs, meine Gene und Ich

15. April 2012 von Bastian Greshake

Vor einiger Zeit habe ich einer Redakteurin des UniSPIEGEL ein Interview zu openSNP und dieser ganzen Personal Genomics-Sache gegeben. Seit letzter Woche kann man das Interview in Print und auch online finden. Leider hat es der Teil über die Bestimmung von Krankheitsrisiken bei den nächsten Verwandten über die eigenen Daten nicht in die endgültige Fassung geschafft. Aber da das Thema ganz spannend ist wollte ich das hier mal für euch ausführen. Konkret ging es um ein erhöhtes Prostatakrebs-Risiko, das ja... weiter

 

Für mehr offene Software in der Forschung!

27. Februar 2012 von Philipp Bayer

Wer als Wissenschaftler jemals eine Publikation reproduzieren wollte, um dann auf den reproduzierten Ergebnissen neu aufzubauen, kennt das vielleicht: die Programme, mit denen die Ergebnisse produziert wurden, sind nirgends erhältlich. Vielmehr frustrieren Formulierungen wie "Die Ergebnisse dieser Studie wurden mit hausinternen Programmen produziert" - wie soll man da reproduzieren? Vor kurzem erschien in Nature dazu ein längeres Essay: The case for open computer programs, grob übersetzt:"Argumentation für offene Computerprogramme". Wie in der Einleitung schon beschrieben, ist das Hauptargument für offen... weiter