Die Schönheit der Bioinformatik als Arbeitsfeld

19. Mai 2011 von Philipp Bayer in Biologie

Werde ich auf Parties gefragt, was ich denn so mache, dann antworte ich (an guten Tagen): "Bioinformatik." Natürlich bekomme ich dann unverständige Blicke - das Arbeitsfeld ist relativ neu und sehr unbekannt. Was mache ich als Bioinformatiker? Und warum gerade dieses Berufsfeld? Vielleicht sind interessieren sich einige unserer Leser dafür, deshalb möchte ich heute ein paar Antworten zusammen mit einem kleinen Überblick geben.

In den letzten Jahren und Jahrzehnten kam es in der Biologie zu einer Flut an Information - mehr und bessere Sequenzierungsmethoden wurden entwickelt, die mehr genomische Daten produzieren. Hier kommt der Bioinformatiker ins Spiel. Als Bioinformatiker sitzt man an der Schnittstelle zwischen Informatik und Biologie. Man denkt sich neue Methoden aus und verwendet bereits bekannte, um der Flut Herr zu werden: Ich z.B. hab in meiner Bachelor-Arbeit kurze DNA-Sequenzen (EST-reads wer's genau wissen möchte) analysiert. Genauer: Ich habe einem Set von ca. 2500 kurzen Sequenzen (Durchschnitt war glaub ich irgendwo bei 100 Nukleotiden pro Sequenz) einen Sinn eingehaucht, automatisiert gleiches mit gleichem gruppiert und diese Gruppierungen funktionell anhand vorhandener Daten (aus diversen Datenbanken) annotiert.

Aber warum Bioinformatiker werden, wenn man als Meeresbiologe mit Delfinen schwimmen kann? Ganz einfach: 99% der anderen Arbeit eines Meeresbiologen ist fricklig und nervtötend (in meinen Augen zumindest). Wer einmal eine PCR angesetzt hat, wird das sicher spannend finden - wer es im Laufe seiner Arbeit aber hundertmal machen muss, wird irgendwann bescheuert. Nicht zu vergessen, dass man im unteren μl-Bereich pipettiert - man sieht nicht so wirklich, ob man jetzt überhaupt Flüssigkeit aufgenommen hat, und wenn man 40 gleichaussehende Gefäße nebeneinander hat, kann man auch nicht direkt sehen, welche mit Material gefüllt sind und welche nicht.

Das war mir "damals" im Labor zu fricklig, deswegen hab ich mich für die Bioinformatik entschieden - ich bleibe im Bereich der Biologie, muss aber keine Faden ins Nadelöhr bringen. Tägliches Programmieren ist eine intellektuelle Herausforderung, die frustrierend sein kann, aber mir zuviel Spaß macht als das ich irgendetwas anders machen möchte. Wer schonmal ein umfangreicheres Programm selbst geschrieben hat, und dann realisiert, das das Ding wirklich funktioniert, der weiß wovon ich schreibe. Das Gefühl kommt manchmal einer erfolgreichen Geburt nah ;)

Die Berufsaussichten sind, soweit ich das beurteilen kann, auch nicht schlecht: Das meiste von dem, was ich soweit in vorherigen Projekten gelernt habe, lässt sich ohne weiteres auch auf andere Organismen oder andere Fragestellungen anwenden. Meiner Meinung nach ist das ein großer Vorteil, ist der momante Trend in der Lehre doch Spezialisierung auf einen bestimmten Mechanismus/Organismus. Ein Wechsel zu einem anderen Arbeitsfeld ist in der Bioinformatik meines Erachtens einfacher als in den "Labor-Bereichen", und mit meiner momentan "Universitätskarriere" (Master IT) kann ich auch in die "harte" Informatik wechseln.

Ich weiß, dass ich in meiner Arbeit weniger "Abenteuer" erlebe - Ökologen dürfen in den Dschungel reisen, um dort ihrer Arbeit nachzugehen, ich sitz vorm PC und fluche. Mikrobiologen stehen im Labor und erzeugen neues Leben, ich starr aus dem Fenster und trink Kaffee (dafür darf ich bei der Arbeit wenigstens Kaffee trinken!). Geologen hämmern im Gebirge, ich kapier einen Algorithmus in einer Veröffentlichung nicht. Trotzdem: Ich würde nicht wechseln wollen!


9 Kommentare zu “Die Schönheit der Bioinformatik als Arbeitsfeld”

  1. Christian Lange Antworten | Permalink

    Die Bioinformatik hat schön viel Arbeit

    Lieber Phillip,
    nun verstehe ich langsam, warum manche Leute gerne viel Zeit in dunklen Kellern verbringen: alles nur wegen des Kaffees!
    Aber Spaß beiseite. Als jemand, der in diesem Jahr 20 Jahre im Labor gestanden hat, muß ich sagen, daß die Bioinformatik so manchen interessanten Aspekt (ver)birgt. Und die Herausforderungen wachsen exponentiell: gerade im Zeitalter des Next Generation Sequencings (NGS) fallen ungeheuerliche (sic!) Datenmengen an, dass den Servern kaum Zeit bleibt, entsprechend mitzuwachsen. Aber die Jagd nach innovativen Krebsmedikamenten, oder zumindest statistisch signifikanten Markern hat bereits begonnen, gerade hat das US Health Department Millionen in die Forschung an mikro RNAs (miRNAs) als prognostische Marker für alles Mögliche gesteckt. Und die Biotech-Unternehmen sind ganz heiss auf Umsätze, wenn nicht mit Therapeutika, so doch wenigstens mit deren Forschungsabfall, den Diagnostika.
    Ich freue mich auf die intellektuelle Herausforderung der Bioinformatik, denn ein NGS System spuckt immerhin Milliarden an Nukleotid-Sequenzen quasi über Nacht, und nur ein Laborhansel wie ich reicht dafür aus. Was mögern erst Zehne von meiner Sorte produzieren? In diesem Sinne, Christian

  2. ursuppe Antworten | Permalink

    ohne Mathe gehts heute nicht mehr...

    In Deutschland ist ja bekannterweise die Frauenquote in MINT-Fächern ein eigenes Forschungskapitel, viel stärker als im Ausland auf jeden Fall. Dass man aber auch schief angeschaut wird wenn man Bioinformatik studiert stimmt mich immer bedenklicher hier.

    Laborarbeit wird schnell eintönig und fehlerhaft, wenn die richtigen Versuchsparameter gefunden werden müssen und es an Disziplin mangelt. Der Wissenschaftler 2.0 im 21 Jhdt wenn wir ihn mal so titulieren wollen muss entweder ein absoluter Fachidiot in hochspezialisierten Bereichen sein (geringe Berufssicherheit und Eintönigkeit da sich Technolgien immer schneller ausdifferenzieren und ändern oder er hat ein interdisziplinäres Repertoire. Das ist auch der Grund warum man Physiker überall in Industrie und Forschung findet, weil sie heute alle wesentlichen Bereiche mal im Studium tiefergehend geübt haben (EDV, Programmierung, Mathematik, Abstraktion, Optimierung, Labor Know How, Teamwork...)

    Wer sich nicht erst in der Doktorarbeit spezialisieren will nach einem allg. Studium wie Biologie oder Chemie, sondern mit dem Master arbeiten gehen will, sollte imho einen inerdisziplinären Studiengang wählen in dem Mathe und EDV Übungen Standard sind. Andernfalls endet er als Laborratte die irgendwann durch eine Maschine oder billigeren techn. Angestellten substituiert wird. Sich während des Berufes dann in höherer Mathematik und Programmierung weiterbilden zu wollen ist ein steiniger Weg, während des Studium geht das viel flüssiger.

  3. Corin Egglestone Antworten | Permalink

    Survey

    Hi Philipp

    I'm a PhD student at Loughborough University in the UK. I found your name on the list of people who follow 23andme on Twitter, and followed a link in your profile to your blog. I was wondering if you'd be willing to fill in a survey for my PhD research, it's for people who have either bought a genetic test from a company like 23andme, or are thinking of doing so.

    There's more information and a link to it at http://www-staff.lboro.ac.uk/~lsctre3/survey.html , it should only take about 10 minutes and would be really great if you could! If you have any questions then please email me at c.t.r.egglestone3@lboro.ac.uk

    Thanks

    Corin Egglestone

  4. ALi Antworten | Permalink

    Hallo

    HEy..
    ich heiße Ali..ich habe mein Abitur absolviert.Nun möchte ich studieren.Ich würde gerne Biologie studieren..aber dafür sind meine Noten zu schlehct.Konnte ich mit Bioinformatik zu Biologie wechseln.Wenn ja ab wann geht das?
    Ich würde mich auf Ihre Antwort freuen.

  5. Wili E Antworten | Permalink

    Alternativ meines Studiums

    Tag, ich hez wili, ik studiere Pharmazie, bin aber sickaniert von vielen chem. Labs Activity, was meine chronische Krankheit sich darüber verschlimmert.Mit einer Parkinson zittrigen Hand habe ich mich nicht mehr qualifiziert, um in Labor zu arbeiten.
    Ich hab dann mich auf Bioinformatik interessiert, doch ik hab keine richtige Erfahrung im Programmieren, dazu kommt meine durchschnittliche Mathe als Sündenbock. Wie gesagt, ik broh Rat von dem Expert, in diesemm Fall Sie. Wie würden Sie Bioinformatik zu jemandem wie ich weiterempfehlen? Danke.
    mfg
    Wili E

  6. Philipp Bayer Antworten | Permalink

    Tips

    Hi,

    für Arbeit in der Bioinformatik braucht man (je nach Feld) viel bis kaum Mathematik, aber grundlegendes Verständnis sollte schon da sein.

    Am einfachsten ist's mit dem Einstieg als Praktikant in einer lokalen Arbeitsgruppe - da kommt man eher durch Enthusiasmus als durch Können dran (bei uns fängt nächstes Jahr als Praktikant ein ehemaliger Anwalt an).

    Gitbs bei Ihnen da was in der Nähe?

  7. Willie Ekaputra Antworten | Permalink

    Emmm...Studium?

    Als Praktikant einsteigen?
    Emm...ich frage mich doch, ob man es durchs Studium zu schaffen hat, weil ich noch gar nix gelernt habe über spätere Berufschance.
    Ob Sie es verstanden haben, weiß ich nicht...

  8. Philipp Bayer Antworten | Permalink

    Berufschancen sind meiner Ansicht gut bis sehr gut - es ist allerdings schwer, es jemanden als Beruf zu empfehlen, weil es größtenteils eine Sache von "mögen" ist - um das rauszufinden ist ein meiner Meinung nach ein Praktikum am ehesten geeignet.

    Zum Studium in Deutschland kann ich selbst nichts sagen - ich hab einen Bachelor in Biowissenschaften in Münster gemacht, weiterführend hier in Australien studiert, ich weiß nicht, wie die momentane Situation in Deutschland aussieht.

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