Philipp Bayer | 27. Februar 2012, 05:49

Wer als Wissenschaftler jemals eine Publikation reproduzieren wollte, um dann auf den reproduzierten Ergebnissen neu aufzubauen, kennt das vielleicht: die Programme, mit denen die Ergebnisse produziert wurden, sind nirgends erhältlich. Vielmehr frustrieren Formulierungen wie "Die Ergebnisse dieser Studie wurden mit hausinternen Programmen produziert" - wie soll man da reproduzieren?

Vor kurzem erschien in Nature dazu ein längeres Essay: The case for open computer programs, grob übersetzt:"Argumentation für offene Computerprogramme". Wie in der Einleitung schon beschrieben, ist das Hauptargument für offen erhältliche Programme das Problem der Reproduzierbarkeit - kann ich mit Hilfe eines Computers die Hauptergebnisse dieser Studie wiederholen?

Ohne Reproduzierbarkeit ist die beste Wissenschaft nutzlos, denn wie kann ich als Wissenschaftler so sicher sein, dass die Ergebnisse stimmen? Vielleicht sind die Programme, die in der Studie benutzt wurden, fehlerhaft? Eventuell werden korrekte Ergebnisse von einem Programm falsch ausgelesen, und so kommt es zu falschen Ergebnissen. Ohne das Programm (und dessen Code) kann ich als nicht-beteiligter Wissenschaftler nicht unabhängig überprüfen, ob das Wissen, auf dem ich meine Forschung aufbaue, nicht fehlerhaft ist; stattdessen muss ich blind den Wissenschaftlern und den Editorn des jeweiligen Fachzeitschriften vertrauen!

Die Autoren des Essays fassen den Standpunkt einiger Fachzeitschriften zusammen - Nature selbst z.B. verlangt von Autoren keine Programme, sondern vielmehr eine Beschreibung des Ablaufs der benutzten Programme in normalem Englisch. Die Idee dahinter ist, dass sich interessierte Wissenschaftler ihre eigenen Programme schreiben können. Biostatistics dagegen hat sogar einen Editor, der nur für Reproduzierbarkeit von Studien zuständig ist - also einen Großteil des Codes braucht.

Persönlich kann ich Gründe sehen, warum man seinen Code nicht veröffentlichen will - wenn ich ein wenig an einem Projekt (momentan an SNP-Daten) arbeite, fliegen schnell 10-20 kurze Skripte in einem Ordner rum, kaum kommentiert, und wenn's nur für mich ist, ohne jede begleitende Dokumentation. Dazu kommt, dass die Programme oft einfach nur hässlich sind, nach dem Motto: "Was funktioniert, reicht" - sowas kann man keinem zeigen!

Sollte man aber. Denn, wie schon oben ausgeführt, ohne Code können andere kaum die Ergebnisse reproduzieren. Ohne Reproduzierbarkeit steht die Wissenschaft, die auf den Ergebnissen aufbaut, nur auf wackligen Beinen.

Der Wissenschafts-Betrieb ist sehr konkurrenzbetont, deswegen liegt es auf der Hand, dass viele Wissenschaftler weniger von ihrer Arbeit preisgeben möchten, als möglich wäre. Es könnte ja schließlich sein, dass eine konkurriende Gruppe sich mithilfe der offenen Software einen Vorteil verschafft, und so die eigene Gruppe überholt. Dagegen kann man einwenden, dass offene Software von vielen verschiedenen Gruppen verbessert werden kann, was im Endeffekt zu besseren Ergebnissen für alle beteiligten Parteien führt.

Die Autoren des Essays erwähnen mehrere Schritte für Fachzeitschriften und Universitäten, mit der "code availability" erreicht werden kann - unter anderem sollen Universitäten Reproduzierbarkeit in ihre Lehre einbinden, was mir persönlich auch am Herzen liegt. In meiner gesamten Bachelor/Master-"Karriere" habe ich nichts über Reproduzierbarkeit beim Publizieren gelernt, obwohl sie mehr als wichtig ist!

Auch wissenschaftliche Fachzeitschriften stehen unter Zugzwang, die "Englische-Beschreibung-reicht"-Vorschrift ist veraltet, Doppeldeutigkeiten kommen zu oft vor. Stattdessen sollten Fachzeitschriften Standards für Code-Veröffentlichung einführen - zum Beispiel in dem sie zumindest teilweise Code-Veröffentlichung (idealerweise unter einer freien Lizenz wie der MIT- oder GNU-Lizenz) einfordern.

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Ince, D., Hatton, L., & Graham-Cumming, J. (2012). The case for open computer programs Nature, 482 (7386), 485-488 DOI: 10.1038/nature10836

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Bastian Greshake | 18. Mai 2009, 20:37

Bastian sagt:

Nachdem wir hier so viel Werbung für die ganze Open Access-Bewegung gemacht haben war es Zeit auch mal bei uns selbst anzusetzen und den einzig richtigen Schritt zu machen: Unsere Texte ebenfalls loslassen und nicht nur einfach offen zugänglich zu machen. Deshalb stehen alle Texte von uns jetzt unter der aktuellen Creative Commons 3.0 BY-NC-SA Lizenz, wie man auch in der Navigationsleiste sehen kann.

Einfach gefasst heisst das nichts anderes als das jeder unsere Texte kopieren kann und auch remixen kann. Die Bedingungen dabei sind einfach: Die Quelle muss genannt werden, die Weiterverbreitung muss unter der gleichen Lizenz erfolgen und dazu wird die kommerzielle Nutzung unter diesen Lizenzbedingungen ausgeschlossen. Für den unwahrscheinlichen Fall das jemand die Inhalte hier kommerziell nutzen will kann man uns natürlich einfach anschreiben.

Für Comics, Videos oder auch Grafiken die wir hier verlinken oder auch in den Text einbinden gilt die Lizenz natürlich (leider) nicht da diese meist nicht von uns erstellt worden sind und direkt aus irgendwelchen anderen Publikationen stammen.

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Bastian Greshake | 18. Mai 2009, 20:35

Bastian sagt:

Open Access, der freie Zugang zu wissenschaftlichen Daten & Literatur ist für manche eine Horrorvorstellung, glauben die Leute doch tatsächlich dass sich mit Wissen dann kein Geld mehr verdienen lässt. Doch ist Open Access etwas anderes als eine konsequente Änderung des Publizierens durch neue Medien und Möglichkeiten?

Schauen wir doch mal etwas mehr als 500 Jahre in die Vergangenheit zurück. Damals wurden Bücher noch per Hand geschrieben und genauso auch kopiert. Neben fleissigen Mönchen, die ihre Texte von Hand wieder und wieder kopierten, gab es eigens eine Zunft der Kopierer.

Doch dann kam auch bald schon ein findiger Erfinder namens Guttenberg und erfand den Buchdruck. Und zack, wurden Mönche und Kopierer um ihre Arbeit gebracht. Die Herstellung von Büchern wurde einfache, effizienter und vor allem billiger. Einige Jahrhunderte später wiederholt sich die Geschichte: Der gemeine Kopierer wurde erfunden. Die Verbreitung von geschriebener Information wird wieder einfacher und billiger.

Und nun haben wir das Internet. Informationen lassen sich in wenigen Sekunden über die ganze Welt verteilen und die Kosten dafür streben immer weiter gegen Null. Gedrucktes wird zumindest in der Wissenschaft für die Verteilung immer unwichtiger. Wieso sollte ich auch noch eine Woche warten dass Veröffentlichungen in gedruckter Form per Post vor meine Tür geliefert werden wenn ich auch direkt online den Zugriff habe und bei Bedarf die für mich interessanten Paper selbst drucken kann? Da stinken die alten Vertriebswege über gedruckte Journals gegen ab. Genauso ist das Bezahlmodell für diese Art von Vertrieb überholt. Sich Zugang zu PDFs so teuer bezahlen zu lassen als ob diese extra für mich gedruckt werden würden und per Limosine vor die Haustür chauffiert ist einfach nicht angemessen. 50 cent pro Kilobyte zu verlagen hat schon fast SMS-Abzocke-Niveau.

Da ist es dann auch kein Wunder wenn der Ruf nach neuen und vor allem angemessenen Vertriebswegen laut wird. Doch es gibt auch noch eine andere Komponente die man bei Open Access betrachten sollte:

Alle Staaten, oder allgemeiner gesagt Gesellschaften, die sich den Luxus (und nichts anderes ist Wissenschaft) Forschung leisten, bezahlen auch gemeinschaftlich dafür. Auch wenn heute bei der Vergabe von Mitteln die Anwendbarkeit immer mehr in den Vordergrund gerückt wird leisten wir uns immer noch Grundlagenforschung. Einfach der Neugier halber und auch weil nur so Fortschritt stattfinden kann. Ohne Forschung keinen Computer, kein Internet, kein Fernseher und bei Krankheiten dürften wir immer noch einfach nur beten. All diese Sachen werden von jedem mitfinanziert.

Und wäre es da nicht nur eine faire Sache wenn ein jeder Zugriff auf diese Ergebnisse bekommt und nicht nur derjenige der dafür nochmal viel Geld ausgeben will?

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Bastian Greshake | 17. April 2009, 20:32

Bastian sagt:

Ich glaube es ist etwas untergegangen in den Kommentaren, deshalb will ich hier auch nochmal kurz auf einen Artikel bei der Zeit hinweisen: Open Access - Das Denken ist frei. Hier ein kleiner Auszug:

Gegen den Würgegriff verschiedener Großverlage, die ihre Preise fast beliebig diktieren können, richtet sich die Open-Access-Politik der Wissenschaftsorganisationen – von der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) über die Max-Planck-Gesellschaft (MPG) bis zur Fraunhofer-Gesellschaft (FhG). Denn sie geben öffentliche Mittel für die Forschung aus und erwarten mit gewisser Berechtigung, dass die Geldgeber, also die Steuerzahler, die Ergebnisse dieser Forschung später kostenlos nachlesen können.

Jedem der sich auch nur ein ganz klein bisschen für das Thema interessiert kann ich die Lektüre nur empfehlen.

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Bastian Greshake | 08. April 2009, 20:28

Bastian sagt:

In Teil 1 gab es eine allgemeine Erklärung wie wissenschaftliches Publizieren funktioniert und in Teil 2 gab es eine Einführung in die Prinzipien von Open Access (OA) und den Unterschied zum traditionellem Verfahren.

In diesem Teil wollte ich mal schauen wie es so aussieht mit der Verbreitung mit OA. Genaue Zahlen habe ich auch hierfür nicht wirklich finden können aber hier gibt es eine Grafik die von ca. 20 % der Artikel ausgeht die unter OA veröffentlicht werden. Das Problem ist jedoch: Für Bibliotheken und Unis lohnt sich OA erst wirklich wenn ALLES frei zugänglich ist.

Die Wikipedia listet auch bereits einige Journals auf die Open Access ermöglichen. Das bekannteste, reine OA-Journal bzw. gleich eine Reihe von Zeitschriften dürfte die “Public Library of Science” (PLoS) sein. Seit 2003 werden Artikel in PLoS Biology als OA veröffentlicht. Mittlerweile ist der Umfang auf 7 Zeitschriften gewachsen, wobei der Themenschwerpunkt ganz klar in den LifeSciences liegt.

Doch neben dieser reinen OA-Lehre gibt es noch die Mischform, wie sie beispielsweise das Journal “Proceedings Of The National Academy Of Sciences” (PNAS) verfolgt. Dort werden die Artikel 6 Monate nach erscheinen der Druckversion unter OA gestellt und so online zugänglich gemacht. Zusätzlich können die Autoren per Bezahlung darüber entscheiden ob ihre Artikel von Anfang an unter OA publiziert werden sollen. Besonders spannend für Autoren: PNAS hat den drittgrößten Impact Factor, wir erinnern uns, unter allen interdisziplinären Zeitschriften.

Wer als Autor wissen möchte ob es sich auf die Anzahl, wie oft die eigenen Ergebnisse zitiert werden, positiv auswirkt wenn man in OA-Journals publiziert kann sich durch Unmengen von Daten und Veröffentlichungen zu dem Thema wühlen.

Und jetzt würde ich gerne mal ein paar mehr Meinungen von “Betroffenen” in den Kommentaren lesen: Was haltet ihr von OA? Publiziert ihr selber in OA-Journals? Wieso/Wieso nicht?

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Bastian Greshake | 07. April 2009, 20:24

Bastian sagt:

Nachdem im letzten Beitrag erklärt wurde wie das mit dem wissenschaftlichem Veröffentlichen im traditionellem Verlagswesen funktioniert schauen wir doch nun mal was genau Open Access im Unterschied dazu ist.

Nun, der Name verdeutlicht eigentlich schon den Grundgedanken des Prinzips: Der Zugang zu den Veröffentlichungen soll für alle frei sein. Und das unterscheidet sich weitgreifend von dem alten Weg.

Die Verlage haben sich den Zugang sowohl zu den gedruckten Journals als auch zu den Online-Datenbanken mit allen Papern teuer bezahlen lassen und meist ist es eine Frechheit was die dafür verlangen das man sich ein simples PDF-File runterladen kann, Stichwort vergoldete Bits.

Während man noch argumentieren könnte das man für Zeitschriften bezahlen muss weil da neben den Papern auch noch Texte der Redaktion vorhanden sind und das Zeug ja auch gedruckt werden muss fällt das im Online-Bereich völlig weg. Wer sich da die Paper beschaffen will pfeift auf gedruckte Zeitschriften und den redaktionellen Teil will er auch nicht lesen. Sondern einfach nur seine Informationen bekommen. Und die Verlage wollen daran gut verdienen.

Das sorgt nicht nur dafür das Privatpersonen und Forscher ohne das nötige Kleingeld so gut wie keinen Zugriff auf dieses Wissen sondern auch zu einer ganz anderen, verrückten Situation: Unis bzw. gröber gefasst, der Staat, gibt Geld für Forschung aus, bezahlt dafür das die Ergebnisse veröffentlicht werden (und gibt nebenbei auch noch die meisten Rechte an dem Paper an den Verlag ab) und muss sich nun seine Ergebnisse zurückkaufen.

Was sich total bekloppt anhört ist die Realität. Ich habe leider keine konkreten Zahlen dazu aber Fakt ist: Die Bibliotheken müssen für unzählige Zeitschriften teure Abos abschliessen damit innerhalb der Uni der Online-Zugriff zu den Zeitschriften gestattet wird. Im Prinzip ist so ein erfolgreiches Journal nichts anderes als eine Lizenz zum Gelddrucken für die Verlage.

Doch kommen wir zurück zu Open Access. Denn auch diese Journals arbeiten nicht umsonst und müssen ihre Mitarbeiter genauso bezahlen. Doch woher sollen die das Geld kriegen wenn der Zugang frei sein sollen?

Ganz einfach: Die Autoren bezahlen für die Veröffentlichung. Was bislang bei einigen Zeitschriften zugetroffen hat wird ausgeweitet mit einer angepassten Gebühren so dass die Artikel dann für jedermann zugänglich online stehen können. Was vorher “pay-to-read” war wird nun zu “pay-to-publish”.

Das hat den großen Vorteil das alle Leser nicht mehr für das Lesen einzelner Veröffentlichungen bezahlen müssen. Parallel ist es auch durchaus möglich weiterhin die Print-Journals zu verkaufen über den Mehrwert der redaktionellen Beiträge. Ich z.B. schätze diese Artikel in der nature sehr, mir gefällt der oft sehr trockene Humor einzelner Redakteure.

Open Access kann dank des Internets also ein grandioses System sein um jedem den Zugang zu Wissen zu ermöglichen. Leider ist OA noch weit davon entfernt der Standard in den Wissenschaften zu sein. Viel zu oft treffe ich noch auf Menschen die ernsthaft die Ansicht vertreten: “Mir doch egal ob Leute Schwierigkeiten damit haben Zugriff auf die Veröffentlichung zu bekommen. Hauptsache ich habe veröffentlicht und damit meinen Ruf als Wissenschaftler ein bisschen verbessert.”

Und da sich der wissenschaftliche Ruf hauptsächlich durch Veröffentlichungen und den JIF der Zeitschriften in denen man erschienen ist bemisst kommt man mit dieser Art von Denken auch problemlos weiter.

Wie weit OA mittlerweile verbreitet ist unterscheidet sich dabei stark von Disziplin zu Disziplin. Doch es gibt schon einige Journals die mit Open Access arbeiten, was es da so gibt dann in einem nächsten Eintrag.

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Bastian Greshake | 06. April 2009, 20:19

Bastian sagt:

Ich wollte euch hier demnächst mal ein paar Dinge darüber schreiben was genau Open Access (OA) ist, was für Vorteile aber auch Nachteile das System hat und so weiter. Doch leider bin ich mir sehr unsicher welchen Wissensstand ich bei euch Lesern voraussetzen kann. Von daher wollte ich in diesem Beitrag mal darauf eingehen wie Wissenschaftler traditionell ihre Ergebnisse veröffentlichen und wie das Verlagswesen im alten Modus funktioniert. Für wen das sein täglich Handwerk ist der darf diesen Eintrag gerne überlesen und sich dann mehr auf den nächsten OA-Beitrag freuen.

Dazu hab ich mal ganz trendy eine kleine Flowchart zusammengebastelt in der man stark vereinfacht sieht wie es vom Vergeben der Forschungsgelder bis zur Veröffentlichung der Ergebnisse kommt.

Schauen wir uns das Ganze mal Schritt für Schritt an. Erstmal dürfen die Wissenschaftler sich um Forschungsgelder bewerben. Wenn die Geldgeber, in Deutschland z.B. die Deutsche Forschungsgemeinschaft, nach Überprüfung der Anträge Geld bewilligen kann es dann erstmal an die eigentliche Forschung gehen. Und irgendwann will man dann natürlich auch seine Ergebnisse präsentieren. Dazu schreibt man dann so ein hübsches Paper wie wir sie hier regelmässig vorstellen und sucht sich eine Zeitschrift in der man dann veröffentlichen will.

Und hier fängt der Ärger dann auch an (manche würden allerdings sagen dass das schreiben schon zum Ärger gehört). Denn die Zeitschrift in der man sich präsentieren will soll weise gewählt sein. Generell sind dabei alle geil darauf ein Journal zu erwischen das einen möglichst großen Journal Impact Factor (JIF) hat, dieser Wert soll angeben wie angesehen die Zeitschrift ist. Gleichzeitig gilt auch: Je höher der JIF desto besser/wichtiger muss ein Ergebnis sein um in so einer Zeitschrift angenommen wird.

Hat man sich dann für sein Journal entschieden sendet man denen sein Manuskript zu und die Redakteure schauen dann erstmal ob der Beitrag überhaupt zur Zeitschrift passt. Entscheiden diese sich dagegen darf man sich ein neues Journal suchen.

Sind die Redakteure jedoch der Ansicht das die Veröffentlichung in ihrer Zeitschrift veröffentlicht werden soll so geht es ins Peer-Review-Verfahren: Die Herausgeber suchen sie sich nun Experten des betroffenen Fachbereiches aus und geben diesen das Manuskript um den fachlichen Inhalt des Papers zu überprüfen. Dies dient unter anderem dazu gefakte Daten etc. zu entlarven, was natürlich nicht immer klappt.

Hat es das Manuskript so weit geschafft dann kann es danach veröffentlicht werden. Von Journal zu Journal unterschiedlich: Ob die Autoren für das Ganze selbst etwas zahlen müssen. Gleiches gilt dann für den Umfang in dem die Rechte an der Veröffentlichung in die Hände des Verlages gehen oder eben bei den Autoren bleiben. Schlechtenstenfalls bezahlt man also dafür all seine Rechte abzugeben, aber was tut man nicht für Reputation?

Und irgendwann geht dann das Journal in Druck in dem das Paper abgedruckt ist, wird an alle Abonnenten versendet und wird gegebenenfalls online veröffentlicht so das Abonnenten Zugriff darauf haben. Darüber hinaus bieten viele Zeitschriften es an einzelne Paper online zu kaufen für den Fall das man kein Abo hat. Zu den größten Kunden für die Abos gehören dabei wohl die Universitäten die Lizenzpakete kaufen um ihre Bibliotheken mit Zugriff auf die Archive der Verlage auszustatten.

Was übrigens viele Studenten auch nicht wissen: Zumindest bei der Uni Münster kann man auch von zuhause den gesamten Online-Katalog der Uni-Bibliothek nutzen wenn man sich einen kleinen, einfachen VPN-Zugang einrichtet. So hat man in Sachen Journals den gleichen Zugriff wie aus den Computerräumen der Uni. Ich bin mir recht sicher dass sowas mittlerweile Standard an jeder Uni sein dürfte. Also schaut mal auf den Seiten eurer Uni nach um euch vielleicht den einen oder anderen Weg zu ersparen.

So weit dann dazu wie traditionell veröffentlicht wird in den Wissenschaften. Nächstes Mal dann über den großen Unterschied zu Open Access.

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